II. Meşrutiyet'in ilânı üzerinden henüz bir sene geçmemişti ki İstanbul'da 13 Nisan 1909'da bu harekete karşı gerici çevrelerce desteklenen büyük bir isyan gelişti. Mustafa Kemal 31 Mart Vak'ası olarak bilinen bu isyanı bastırmak üzere Rumeli de oluşturulan Hareket Ordusu'nun Kurmay Başkanlığına getirildi ve bu ordu ile 19 Nisan 1909 tarihinde İstanbul'a geldi. Hareket Ordusu'nun gerek yolda gerekse İstanbul'daki sevk ve idaresinde Kurmay Başkanı olarak önemli hizmetler gördü. Hareket Ordusu'nun İstânbul'a girdiği gün halka hitaben yayımlanan beyannameyi kendisi yazmıştı. Hareket Ordusu'nun duruma hakim oluşundan sonra Abdülhamit tahttan indirildi yerine Sultan Reşat getirildi. Mustafa Kemal bu gerici olayın bastırılmasından sonra İstanbul'da çok kalmayarak 16 Mayıs 1909'da tekrar Selânik'e döndü. Bu sıralarda Selânik ve çevresinde yapılan mânevralarda tatbikatlarda düşünce ve görüşlerini cesaretle savunuyor; bu ise bazı üstlerinin dikkatini çekerken bazılarının da tahammülsüzlüğüne sebep oluyordu. Kendisi bir yandan da askerî eğitim konuları üzerinde telif ve tercüme eserler hazırlıyordu.
O II. Meşrutiyet'i takiben Ordu'nun "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile sıkı alâkasının ve siyasete karışmasının tehlikelerini sezinlemeye başlamış bu görüşlerini 22 Eylül 1909'da Selânik'te toplanan "İttihat ve Terakki Bûyük Kongresi"nde açıkça dile getirmişti. Fâkat Cemiyetin önde gelenleri onun bu görüşlerini paylaşmadılar. Mustafa Kemal de kendisini Cemiyetten uzak tutarak doğrudan doğruya askeri vazifesine verdi. "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile anlaşmazlığı ve aralarının açılması böyle başladı.
Mustafa Kemal Selânik'teki görevini başarı i1e yürütürken 1910 yılı Eylül ayında Pik2ırdi manevralarını izleme amacıyla Fransa'ya gönderildi. Burada Fransız Ordusunu ve komutanlarını yakından tanıdı. Selânik'e dönüşünden kısa süre sonra 1911 Mart'ında Arnavutluk'ta bir isyan çıktı. Bu isyanı bastırmak üzere düzenlenen harekâtta Harbiye Nazırı Mahmut Şevket Paşa'nın yanında görev aldı.
Mustafa Kemal 15 Ocak 1911'de 3. Ordu Karargâhındaki görevinden alınarak evvelâ 5. Kolordu Karargâhında daha sonra yine Selânik'te bulunan 38. Piyade Alayı'nda görevlendirildi. Bu atamadan amaç kendisine kıta hizmeti gördürerek onu başarısızlığa sürüklemek; bu suretle şevk ve hevesini bir ölçüde kırmak idi. Ama O bu görevde de büyük başarılar gösterdi; eskiden olduğu gibi yine kumandanlarının arkadaşlarının sevgi ve saygısını kazandı. Selânik garnizonundaki subaylar gittikçe onun etrafında toplanıyorlardı. Bu durum 3. Ordu Müfettişliğinin hoşuna gitmedi. Onu Selânik'teki vazifesinden ayırarak 27 Eylül 1911 tarihinde İstanbul'da Genelkurmay Başkanlığında bir göreve tayin ettiler. Mustafa Kemal bu atama üzerine İstanbul'a gelerek bir süre Genelkurmay Başkanlığında çalıştı.
5 Ekim 1911'de İtalyanlar Trablusgarp'a hücum ederek istilâ hareketlerine başlamışlardı. Mustafa Kemal bu bölgede görev almak üzere 15 Ekim 1911'de İstanbul'dan ayrıldı. Trablusgarp'a gelişini takiben bir süre Tobruk ve Derne Bölgelerinde gönüllü mahalli kuvvetlerin başında bulundu.12 Mart 1912 de Derne Komutanlığına getirildi. Bu sıralarda 27 Kasim 1911 tarihinde binbaşılığa terfi etti.
1912 yılı Ekiminde Balkan Harbi başlamıştı. Mustafa Kemal 24 Ekim 1912'de Trablusgarp'tan hareket
ederek İstanbul'a geldi. 21 Kasım 1912'de Gelibolu'da bulunan Bahr-i Sefîd (Akdeniz) Boğazı Kuvay-ı Mürettebesi Komutanlığı Harekât Şubesi Müdürlüğüne atandı. Bu atama üzerine Gelibolu ya geldi. Olaylar süratle gelişmiş baba memleketi Selânik düşmüş Bulgar Ordusu ilerleyerek Çatalca'ya kadar gelmişti. Bu elim vaziyet kendisini çok üzdü. Bu cephede bir süre sonra Bolayır Kolordusu Kurmay Başkanlığına getirildi. Bu görevde iken Dimetoka ve Edirne'nin düşmandan geri alınışında büyük hizmetleri gördü.
Mustafa Kemal Balkan Harbinden sonra 27 Ekim 1913 tarihinde Sofya Ataşemiliterliğine atandı.11 Ocak 1914 tarihinden itibaren Belgrat ve Çetine Ataşemiliterliklerini yürütme görevi de kendisine verildi. Sofya Ataşemiliterliğine atandığı günlerde yakın arkadaşı Ali Fethi (Okyar) de Sofya Elçiliğine atanmıştı. Mustafa Kemal Sofya Ataşemiliterliği esnasında 1 Mart 1914 tarihinde yarbaylığa terfi etti.1915 yılı Ocak sonlarına kadar Sofya'da kaldı.
Bu sıralarda 1 Ağustos 1914'te Almanya'nın Rusya'ya harp ilanı ile I. Dünya Savaşı başlamıştı. Mustafa Kema1 gelişen siyasi ve askeri olayları büyük bir dikkatle izlemekte; bir taraftan da görüş ve düşüncelerini Harbiye Nezaretine bildirmekte idi. Ona göre katılma zorunlu hale gelmedikçe Osmanlı Devleti bu büyük savaşın dışında kalmalıydı. Ancak olayların süratle gelişmesi 29 Ekim 1914'te Osmanlı Devletini de ister istemez İttifak Devletleri yanında harbe girmek mecburiyetinde bıraktı. Mustafa Kema1 bu gelişmeler üzerine Başkumandanlıktan kendisine faal bir hizmet istedi ise de uzun süre bu isteği yerine getirilmedi. Nihayet ısrarı üzerine kendisini 20 Ocak 1915 tarihinde Tekirdağ'da teşkil edilecek 19. Tümen Komutanlığına tayin ettiler. Mustafa Kemal bu tayin üzerine Sofya dan ayrılarak İstanbul a döndü; derhal yeni görev yerine hareket ederek Tümenini kurdu. Bu Tümen kısa süre sonra görülen lüzum üzerine 25 Şubat 1915'te Tekirdağ'dan Maydos (Eceabat)'a nakledildi. Mustafa Kemal burada 19. Tümene ilâveten 9. Tümenin 2 Piyade Alayı ve bazı topçu birlikleri de emrine verilerek Maydos Mıntıkası Kumandanı olarak görev yaptı.
Gelibolu Yanmadasında önemli olaylar oluyordu. İngiliz donanması 18 Mart 1915 günü Çanakkale Boğazını geçmeye teşebbüs etti ise de kıyı topçusunun başarılı savunması karşısında muvaffak olamayarak ağır zayiat verdi. Donanması ile Boğazı geçemeyen düşman bu defa Gelibolu Yarımadasını çıkarma ile zorlamaya karar verdi. Olaylar bu şekilde gelişirken Genelkurmay Başkanlığı da 23 Mart 1915 tarihinde Gelibolu'da 5. Ordu kurulmasına karar vermiş Komutanlığına da Alman Generali Liman von Sanders'i atamıştı.
Liman von Sanders muhtemel düşman taarruzuna karşı kuvvetlerini üç gruba ayırarak planını yapmış; Mustafa Kemal'in başında bulunduğu kuvvetleri ordu ihtiyatına almıştı. Mustafa Kemal bu plan gereğince 18 Nisan 1915 günü Tümeniyle Bigalı'ya geçti.
Düşman birlikleri 25 Nisan 1915 günü Seddülbahir ve Arıburnu bölgesinden ilk çıkarma hareketine başladı. Ancak çıkarma hareketi ilk gün karşısında Mustafa Kemal'i buldu. Mustafa Kemal çıkarmanın başladığını görür görmez kuvvetlerini süratle Bigalı'dan Conkbayırı'na sevketmişti. Arıburnu'ndan Conkbayırı'na ilerleyen İngiliz kuvvetleri o gün Mustafa Kemal'in komuta ettiği 19. Tümen kuvvetlerinin taarruzu ile geri çekilmeye mecbur edildi.
Conkbayırı taarruzunda Türk askeri görülmemiş bir inanç ve cesaretle savaşıyor tarihin en büyük kahramanlık sahneleri sergileniyordu. Dâhi komutan kumandanlara verdiği emre şu cümleleri de ilâve etmişti: "Ben size taarruz emretmiyorum; ölmeyi emrediyorum! Biz ölünceye kadar geçecek zaman zarfında yerimize başka kuvvetler ve kumandanlar geçebilir!"
25 Nisan 1915 günü başlayan çıkarma kuvvetlerimiz tarafından kıyıya kadar itilmesine rağmen düşman 26 ve 27 Nisan 1915 günleri de çıkarma harekâtına devam etti. İlerlemek isteyen İngilizlerle yer yer şiddetli çarpışmalar oldu; ancak her taarruz Türk askerinin kahramanca savunması karşısında başarısız kaldı. Mustafa Kemal Çanakkale Cephesindeki bu üstün başarıları üzerine 1 Haziran 1915'de Albaylığa terfi etti.
II. Meşrutiyet'in ilânı üzerinden henüz bir sene geçmemişti ki İstanbul'da 13 Nisan 1909'da bu harekete karşı gerici çevrelerce desteklenen büyük bir isyan gelişti. Mustafa Kemal 31 Mart Vak'ası olarak bilinen bu isyanı bastırmak üzere Rumeli de oluşturulan Hareket Ordusu'nun Kurmay Başkanlığına getirildi ve bu ordu ile 19 Nisan 1909 tarihinde İstanbul'a geldi. Hareket Ordusu'nun gerek yolda gerekse İstanbul'daki sevk ve idaresinde Kurmay Başkanı olarak önemli hizmetler gördü. Hareket Ordusu'nun İstânbul'a girdiği gün halka hitaben yayımlanan beyannameyi kendisi yazmıştı. Hareket Ordusu'nun duruma hakim oluşundan sonra Abdülhamit tahttan indirildi yerine Sultan Reşat getirildi. Mustafa Kemal bu gerici olayın bastırılmasından sonra İstanbul'da çok kalmayarak 16 Mayıs 1909'da tekrar Selânik'e döndü. Bu sıralarda Selânik ve çevresinde yapılan mânevralarda tatbikatlarda düşünce ve görüşlerini cesaretle savunuyor; bu ise bazı üstlerinin dikkatini çekerken bazılarının da tahammülsüzlüğüne sebep oluyordu. Kendisi bir yandan da askerî eğitim konuları üzerinde telif ve tercüme eserler hazırlıyordu.
ederek İstanbul'a geldi. 21 Kasım 1912'de Gelibolu'da bulunan Bahr-i Sefîd (Akdeniz) Boğazı Kuvay-ı Mürettebesi Komutanlığı Harekât Şubesi Müdürlüğüne atandı. Bu atama üzerine Gelibolu ya geldi. Olaylar süratle gelişmiş baba memleketi Selânik düşmüş Bulgar Ordusu ilerleyerek Çatalca'ya kadar gelmişti. Bu elim vaziyet kendisini çok üzdü. Bu cephede bir süre sonra Bolayır Kolordusu Kurmay Başkanlığına getirildi. Bu görevde iken Dimetoka ve Edirne'nin düşmandan geri alınışında büyük hizmetleri gördü.