Mustafa Kemal Paşa Mondros Mütarekesi'nin imza edildiği günün ertesi 31 Ekim 1918 tarihinde Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığına getirildi ise de artık yapacak birşey kalmamıştı. 7 Kasım 1918 tarihinde bu Grup Kumandanlığı'nın da Padişah iradesiyle kaldırılması üzerine Adana'dan hareketle 13 Kasım 1918 günü İstanbul'a geldi. Artık Türkiye mütareke şartlarını yaşıyordu ve kendisi de Harbiye Nezareti emrine verilmiş bir Ordu Kumandanı idi.

Memleket ve milletin içinde bulunduğu şartlar ağır idi. Büyük bir savaş sonunda mağlup bir devlet olarak 30 Ekim 1918'de "Mondros Mütarekesi" adı verilen şartları ağır bir anlaşma imzalanmış bu anlaşma şartlarına dayanılarak memleketin birçok bölgesi galip devletlerce işgal edilmiş ordumuz dağıtılmış bütün silâh ve cephane galip devletlerin emrine verilmişti. Osmanlı memleketleri tamamen parçalandığı gibi Türk'ün ana yurdu Anadolu da galip devletler arasında taksime uğruyordu. İtalyanlar Antalya'ya çıkmıştı. İskenderun Adana Mersin Antep Maraş Urfa işgal altında idi. Kars'ta İngilizler idareyi ele almıştı. Trakya işgal altında idi. Düşman donanması İstanbul sularında demirlemişti. Çanakkale ve İstanbul Boğazları tutulmuştu. İstanbul ve İstanbul Hükûmeti İtilâf Devletlerinin baskı ve kontrolü altında idi. Padişah ve hükümet düşmanlara âlet olmuş âciz ve şaşkın bir vaziyette sadece kendileri için emniyet ve kurtuluş yolu aramakta idiler. Anadolu'nun her şehrinde ecnebi subaylar dolaşıyor İtilâf Devletleri temsilcisi sıfatıyla direktifler veriyorlardı. Yunanlılar da İzmir'i işgal hazırlıklarıyla meşguldu; bu yolda büyük çaba harcıyorlar İtilâf Devletlerini iknaya çalışıyorlardı. Nihayet 15 Mayıs 1919'da bu gayelerine eriştiler.

Olayların bu şekilde gelişeceğini Mustafa Kemal önceden sezinlemişti. Nitekim Mondros Mütarekesi'nden 5 gün sonra 5 Kasım 1918'den itibaren Harbiye Nezaretinden Mondros Mütarekesi gereğince ordulara terhis emirleri gelmeğe başladı. Atatürk aynı gün Adana'dan Sadrazam Ahmet İzzet Paşa'ya ilk ikaz telgrafını çekti: "Ciddî olarak arzederim ki gereken tedbirleri almadıkça orduyu terhis etmeyiniz! Şayet orduları terhis edecek ve İngilizlerin her dediğine boyun eğecek olursak düşman ihtiraslarının önüne geçmeğe imkân kalmayacaktır. Bu Atatürk'te her şey bitti zannedilen bir zamanda da kurtuluş ümidinin sönmediğini pek çoklarının düştüğü yeis ve ümitsizliğe asla kendisini kaptırmadığını gösterir.
Fakat acıdır ki Mustafa Kemal Paşa tarafından yapılan bütün bu haklı itirazlar etkisiz kalır ve· ordunun terhisine sür'atle devam edilir. Çünkü genel kanaat İtilâf Devletleri ile herhangi bir mücadeleye giremeyeceğimiz böyle bir mücadelenin aleyhimize sonuçlanacağı idi. O halde İtilâf Devletlerini gücendirmeyecek Mondros Mütarekesi şartlarını yerine getirecektik. İstanbul Hükümetinin görüşü ve davranışı bu idi.
Padişah ve hükümetini saran bu umutsuzluğa rağmen milletimiz haksız işgal ve istilâlara karşı nefsini müdafaa yolunda her çabayı gösteriyor; memleketin çeşitli yörelerinde düşmanla mahalli kuvvetler arasında çarpışmalar oluyordu. Diğer taraftan mütecaviz dügmana karşı koymak ve kurtuluş çareleri aramak üzere Anadolu'da yer yer milli teşkilâtlar oluşturuluyordu. Ancak bütün bu kuruluşlar ayrı ayn çalışmaları sebebiyle istenilen ölçüde etkili olamıyorlar bütün memleketi kapsayan bir hareket ve birlik gösteremiyorlardı.

Mütareke Türkiye'si aklın alamayacağı derecede karışık bir Türkiye'dir. Bölgesel direnme hareketlerine öncülük eden Müdafaa-i Hukuk Muhafaza-i Hukuk Redd-i İlhak gibi cemiyetlerin yanı sıra özellikle İstanbul'da güya kurtuluş çareleri arayan yüzlerce cemiyet kurulmuştu. İngiliz Muhipleri Cemiyeti Wilson Prensipleri Cemiyeti Türk-Fransız Muhipleri Cemiyeti Cemiyet-i Akvam Müzaheret Cemiyeti bunlann başlıcalarıdır. Kurtuluş çareleri değişikti. Bir kısmı İngilizlerin bir kısmı Fransızların himayesini istiyordu bir kısmı Amerikan mandasını öneriyordu. Bir kısım kimseler de Mondros Mütarekesi gereğince padişah ve halife için hükümranlık hakkı tanınan küçük bir bölgede Osmanlı Devleti'ni sembolik olarak devam ettirme düşüncesinde idiler. Memleketin içinde bulunduğu karışıklıktan istifade çareleri arayan bazı cemiyetler de vatan toprakları üzerinde millî birliği parçalayıcı faaliyetlere girişmişlerdi.
Bu durum karşısında ciddi ve gerçek karar ne olabilirdi.Tarih kültürü çok geniş olan ve tarihten sonuç çıkarmasını çok iyi bilen Atatürk gerçek kararı sezmekte gecikmedi. Bu vaziyet karşısında bir tek karar vardı. O da milli egemenliğe dayanan kayıtsız şartsız bağımsız yeni bir Türk Devleti kurmak idi. Atatürk'e göre önemli olan "Türk milleti'nin haysiyetli ve şerefli bir millet olarak yaşamasıydı. Ne kadar zengin ve refah içinde olursa olsun istiklâlden mahrum bir millet medeni insanlık karşısında uşak olmak mevkiinden yüksek bir muameleye lâyık görülemezdi. Yabancı bir milletin himaye ve efendiliğini kabul etmek insanlık vasıflarından yoksunluğu acizlik ve miskinliği itiraftan başka birşey değildi. Halbuki Türk'ün haysiyet ve gururu çok yüksek ve büyüktü. Böyle bir millet esir yaşamaktansa mahvolsun daha iyiydi. Öyleyse Milli Mücadele'nin parolası "Ya istiklâl ya ölüm!" olacaktı.

Artık Anadolu'ya geçerek Millî Mücadele bayrağını açmak gerekiyordu. İşte bu sıralarda Mustafa Kemal Paşa'yı İstanbul'dan uzaklaştırmak amacıyla kendisine Dokuzuncu Ordu Müfettişliği teklif edildi. Mustafa Kemal Paşa kendisine geniş salâhiyetler tanıyan bu vazifeyi kabul etti.
16 Mayıs 1919 günü Bandırma vapuru ile İstanbul'dan hareket eden Mustafa Kemal Paşa 19 Mayıs 1919 sabahı Samsun'da Anadolu topraklarına ayak bastı. Kendisinin Anadolu'ya gönderiliş gerekçesi "Samsun ve çevresindeki asayişsizliği yerinde görüp incelemek ve tedbir almaktan ibaretti. Hükûmete verilen İnqiliz raporlarında bu bölgede Türklerin Rumlara karşı gerilla hareketine giriştikleri ve bölgenin asayişini bozdukları bildirilmekte ise de durum tam tersine idi. Bu bölgede Pontus Rum Devleti kurma amacına yönelik geniş bir Rum faaliyeti vardı. Baskı gören Rumlar değil Türklerdi. Rum Patrikhanesinden idare edilen Mavri Mira Cemiyeti bu bölgede kurduğu çeteler vasıtasıyla Türk köylerini basıyor katliamlar yapıyor yerli halkı yıldırmak istiyordu. Bu girişimlere karşı vatansever Türkler de mukabil çeteler oluşturmuşlar; bölge Rumları ile mücadeleye başlamışlardı. Bütün bu gerçeklere rağmen Mustafa Kema1 Paşa'ya verilen talimat gereğince bölge Türklerinin direnmeleri önlenecekti. Mustafa Kemal Paşa görevi kabul için Ordu Müfettişliği sıfatı ve geniş salâhiyetler istedi. İstanbul Hükûmeti bu istekleri de kabul etti.

Saray ve İstanbul Hükümeti Mustafa Kemal Paşa'nın bu görevi yapacağını zannetmişti. Oysaki Mustafa Kemal'in düşünceleri tamamen başka idi. Ama bu görev kuşkuları çekmeksizin Anadolu ya geçmek için değerlendirilmesi gereken bir fırsattı. Kendisine verilen yetkileri de geri alınıncaya kadar milletin menfaatleri adına kullanmak vicdanî bir davranış idi. Esasen olayların akışı da kısa zamanda bunu ispatlayacaktı. Mustafa Kemal Paşa İstanbul'dan ayrılmadan önce başta sadrazam olmak üzere kabine azalarının hemen hepsi ile ve en sonunda Padişahla görüşmüştü. Fakat bu kişilerin hiçbirinde memleketi içinde bulunduğu badireden kurtaracak bir enerji bir ümit ışığı görmemiş görememişti. İstanbul Hükümetinin ve Padişahın davranışlarında İtilâf Devletlerini gücendirmemek görüşünün ağır ezikliğini hissetti. Oysaki onların kararlarına uymak değil karşı koymak lâzımdı. İşte Anadolu'ya bu gaye ile gidiyordu. Mustafa Kemal Paşa'nın İstanbul'dan ayrılırken yakın arkadaşlarına söylediği şu sözler bu bakımdan büyük önem taşımaktadır: "Düşman süngüsü altında milli birlik olamaz. Ancak hür vatan topraklarında memleketin istiklâli ve milletin hürriyeti için çalışılabilir. Bu gayeyi tahakkuk ettirmek üzere Anadolu'ya gidiyorum".
Mustafa Kemal Paşa Anadolu'ya geçer geçmez planını uygulamaya başladı. 21 Mayıs 1919'da Kâzım Karabekir'e çekti. Telgrafta bu davranışını şöyle belirtiyordu: "Umumî durumumuzun aldığı vahim şekilden pek müteessirim. Millet ve memlekete borçlu olduğum en son vicdani vazifeyi yakından müşterek çalışma ile en iyi şekilde yerine getirmek mümkün olacağı kanaati ile bu son memuriyeti kabul ettim".
Mustafa Kemal Paşa Samsun'a çıktıktan 2 gün sonra 21 Mayıs 1919'da Genelkurmay Başkanlığına Samsun ve çevresindeki asayişsizliğin sebeplerini açıklayan ne İstanbul Hükûmetinin ne de İtilâf Devletleri temsilcilerinin hoşlanmadığı şu telgrafı çekti: "Rumlar bu bölgede Pontus Hükümeti teşkili gibi bir safsata etrafında toplanmış ve Rum çeteleri hemen kâmilen siyasi bir şekle dönüşmüştür". 22 Mayıs 1919'da Samsun'dan Sadaret'e gönderdiği raporu da şu cümle ile noktaladı: "Millet birlik olup hâkimiyet esasını Türklük duygusunu hedef almıştır". Bu anlamlı ifadede Anadolu'da beliren Milli Mücadele azmini sezmemek mümkün değildir. İşte bu raporlar İstanbul'a geldikten sonradır ki İtilâf Devletleri temsilcileri İstanbul Hükümetinden sordu: "Tanınmış bir Türk generalinin Anadolu'da ne işi vardır?" Bunun üzerine İstanbul Hükûmeti Anadolu'ya gönderdiği müfettişi geri çağırma girişimlerine başladı.